En 1496, à Milan, Léonard de Vinci attend la visite du frère Luca Pacioli, mathématicien célèbre dont il espère apprendre beaucoup. Entre-temps, un moine est assassiné et les textes byzantins concernant les mathématiques qu'il transporte avec lui sont dérobés. De Milan à Venise, de Florence à Urbino, les deux hommes mènent l'enquête pour tenter de retrouver ces documents inestimables.