La série la plus populaire de l'histoire est de retour ! Plus belle, plus forte et plus émouvante que jamais, elle rend un hommage fidèle au célèbre manga d'Hiromu Arakawa, pour donner naissance à un véritable joyau de l'animation japonaise. Isaac Macdougal est un ancien alchimiste d'Etat qui est passé du côté des rebelles après la guerre d'Ishval. Celui-ci arrive à Central et les alchimistes d'Etat en poste sont mobilisés par King Bradley pour sa capture. De passage à Central, le colonel Roy Mustang, alchimiste de Flamme, Edward Elric, alchimiste Fullmetal, et son frère Alphonse Elric participent alors à la traque du mystérieux renégat.