Alors qu'il rentre à sa base, l'équipage de l'Enterprise doit faire face à des forces terroristes implacables au sein même de son organisation. L'ennemi a fait exploser la flotte et tout ce qu'elle représentait, plongeant notre monde dans le chaos. Dans un monde en guerre, le Capitaine Kirk, animé par la vengeance, se lance dans une véritable chasse à l'homme, pour neutraliser celui qui représente à lui seul une arme de destruction massive. Nos héros entrent dans un jeu d'échecs mortel. L'amour sera menacé, des amitiés seront brisées et des sacrifices devront être faits dans la seule famille qu'il reste à Kirk : son équipe.