Épisodes 43 à 64. L'Alchimie, la science mystique de la Transmutation. Les alchimistes les plus doués peuvent détruire et reconstruire la matière à leur guise, en utilisant la Loi de l'Échange Équivalent. Un seul interdit ne peut jamais être transgressé : la transmutation humaine. Grâce aux efforts d'Ed et Al, Scar est enfin capturé. Mais Winry, dont Scar a tué les parents, décide de le soigner. Scar semble profondément bouleversé par cet altruisme, ainsi que par la présence de Miles, métis d'Ishval, dans les rangs de l'armée. À la demande de Marcoh, Miles accepte de relâcher Scar, mais il faut maintenant que le groupe puisse échapper à la surveillance de Kimblee et de ses hommes. La série la plus populaire de l'histoire est de retour ! Plus belle, plus forte et plus émouvante que jamais, elle rend un hommage fidèle au célèbre manga de Hiromu Arakawa pour donner naissance à un véritable joyau de l'animation japonaise. "Fullmetal Alchemist : Brotherood" est une adaptation plus fidèle du manga d'origine.