L'agent secret Ethan Burke est envoyé en mission à Wayward Pines où il doit enquêter sur la disparition de deux agents fédéraux : Bill Evans et Kate Hewson, son ancienne partenaire. Mais plus son enquête avance, plus il semble s'éloigner de sa propre vie. Jusqu'au jour où il prend conscience que la petite-fille de Wayward Pines n'est pas aussi lisse et parfaite qu'il n'y paraît... Et qu'il pourrait ne jamais quitter la ville en vie.