Les Humanoïdes ont envahi la terre la réduit la population à l'esclavage. Albator rencontre Alfred, un ingénieur qui a mis au point un magnifique vaisseau, l'Atlantis. Alfred, qui veut se rebeller contre les Humanoïdes, recherche un capitaine pour l'Atlantis. C'est décidé, les deux héros vont s'unir pour combattre les Humanoïdes épaulés par la Femme Pirate Emeraldas. Leur rêve de libérer la Terre se concrétisera-t-il ?