2977. Albator, capitaine du vaisseau Arcadia, est un corsaire de l'espace. Il est condamné à mort mais reste insaisissable. Le jeune Yama, envoyé pour l'assassiner, s'infiltre dans l'Arcadia alors qu'Albator décide d'entrer en guerre contre la coalition Gaia afin de défendre sa planète d'origine, la Terre.