Trois ans après les événements majeurs qui ont bouleversé Wayward Pines, la ville est maintenant dirigée par la nouvelle génération et Jason Higgins. Mais certains, dont Ben Burke, tentent de se révolter afin de mettre fin à cette nouvelle tyrannie. Le docteur Theo Yedlin, un chirurgien, est réveillé afin de réaliser une opération sur Kate Hewson et va se retrouver au cœur de cette confrontation.